W wyniku przyjęcia  w środę, 7 stycznia 2009 r., przez Radę Miasta Krakowa, poprawki do projektu Uchwały budżetowej na rok 2009, o 24,5 miliona złotych obniżono środki budżetowe przeznaczone na realizację zadania własnego Gminy Miejskiej Kraków oraz Miast i Gmin, które przystąpiły do porozumień międzygminnych w zakresie lokalnego transportu zbiorowego, przeznaczone na organizację przewozów w ramach zintegrowanej komunikacji miejskiej.

Decyzja radnych  spowoduje dotkliwe problemy funkcjonalne oraz prawne. Przede wszystkim doprowadzi do znacznego ograniczenia oferty przewozowej, zakontraktowanej przez organizatora przewozów tj. Zarząd Infrastruktury Komunalnej Transportu w Krakowie.
Wielkość koniecznego ograniczenia jest porównywalna z wielkością przewozów realizowanych w okresie jednego miesiąca kalendarzowego na obszarze Krakowa – średnio o ok. 8 % zamawianej pracy przewozowej łącznie w tramwajach i autobusach. Zajdzie potrzeba likwidacji wielu kursów, prawdopodobnie także niektórych linii komunikacyjnych. Działania takie spowodują poważne zakłócenia w funkcjonowaniu komunikacji w Krakowie i aglomeracji. W efekcie nastąpi istotne obniżenie poziomu zaspokojenia potrzeb użytkowników transportu publicznego – do stanu społecznie nieakceptowanego włącznie.

W zakresie prawnym znaczny deficyt środków spowoduje stan, w którym nie zostaną pokryte podstawowe potrzeby finansowe bezpośrednio wynikające z podpisanych przez prezydenta Krakowa umów. Dotyczy to Umowy o świadczenie usług komunikacji miejskiej w Krakowie, zawartej z MPK S.A. 21 lipca 2006 r., zgodnie z którą Miasto zobowiązało się, że wielkość zamówionych przewozów w każdym kolejnym roku kalendarzowym trwania kontraktu, w stosunku do wielkości pracy przewozowej określonej dla poprzedniego roku kalendarzowego może zmniejszyć się maksymalnie o 5 procent.

Innym zobowiązaniem jest przeprowadzanie corocznie waloryzacji jednostkowych stawek bazowych, dokonywanej zgodnie z określonymi w umowie warunkami, która skutkuje wzrostem rocznego wynagrodzenia dla MPK SA. Rada Miasta Krakowa w 2006 roku, w formie przyjętej uchwały, upoważniła prezydenta Krakowa do podpisania wieloletniej umowy na świadczenie usług z MPK SA, przyjmując jednocześnie w § 3 tej uchwały zapis „Dla sfinansowania zobowiązań wynikających z umowy ustala się zasadę zapewnienia corocznie w budżecie Miasta Krakowa środków finansowych w wysokości wynikającej z zawartej umowy”.

Istotny jest też fakt, że Umowa MPK SA stanowi przedmiot zastawu wg. warunków umowy kredytowej zawartej z Europejskim Bankiem Odbudowy i Rozwoju w związku
z zakupem 24 pociągów tramwajowych w ramach realizacji projektu Zintegrowany transport publiczny w aglomeracji krakowskiej – Etap I. Niedotrzymanie przez Miasto warunków kontraktu z MPK SA może doprowadzić do wystąpienia krytycznej sytuacji finansowej w spółce, co zgodnie z podpisaną  17 lipca 2006 r. Umową wsparcia przez Miasto projektu „Zintegrowany transport publiczny w aglomeracji krakowskiej – etap I” może spowodować konieczność uruchomienia skomplikowanej procedury wsparcia MPK SA środkami budżetu miasta poprzedzone notyfikacją pomocy publicznej w Komisji Europejskiej.

Nie realizowanie przez Miasto zobowiązań podjętych w ramach tych porozumień międzygminnych, zgodnie z którymi Gmina Miejska Kraków wykonuje zadania  organizowania komunikacji na rzecz tych samorządów, przyniesie bardzo poważne konsekwencje w postaci ograniczenia komunikacji autobusowej do obszarów objętych  porozumieniami.